إنّ القيم والأصول التي تحكم عمل جمعيّة المركز الإسلامي للتوجيه والتعليم العالي هي تلك المستمدّة من تعاليم الدين الإسلامي الحنيف، والمستندة إلى:
الأصالة الدينيّة والثقافيّة: ان الانتماء للنهج الاسلمي يحكم سلوكيات المركز ويتحكم بكافة الإنتاجات والتأليف والإصدار والتوجيه والإرشاد.
النهوض التربوي: هو ضرورة في عملية النهوض العام بالمجتمع اللبناني من خلال إثرائه وتفجير طاقات أبنائه واكتشاف قدراتهم وإخراجهم من الضعف إلى القوّة.
المنهجيّة العلميّة: الاستفادة من ثورة الاتّصالات والمعلوماتيّة والتطوّر التكنولوجي والعلمي كأصل في حركة عمل الجمعيّة، إعدادًا وتنفيذًا.
الإبداع والتفوّق: ضرورة في نهضة الأمّة ونجاح أعمالها، وقاطرة لمسيرتها العلميّة، وصولاً إلى تحقيق النقلات النوعيّة.
التعلّم الدائم: ان التطوير والتأهيل والتدريب والتعليم والتحسين المستمر هي أساس للطلاّب والعاملين في الشأن التربوي لمواكبة التطوّر العلمي المتسارع، وحاجات المجتمع المستجدّة.
التكافل الاجتماعي: المؤمنون كالجسد الواحد يتكاتفون ويتعاضدون في محاربة الجهل والفقر، وتبرز خدمة الطلاّب المحتاجين والمتفوّقين كسِمة ظاهرة متميّزة في الخدمات التربويّة التي تسعى الجمعيّة إلى تقديمها.